Janez Zavašnik je znanstveni sodelavec na Institutu “Jožef Stefan” (IJS), vodja skupne raziskovalne skupine z Max-Planck-Institut für Nachhaltige Materialien in docent na Mednarodni podiplomski šoli Jožefa Stefana. Njegovo glavno strokovno področje sta kristalografija in napredne metode elektronske mikroskopije, s poudarkom na presevni elektronski mikroskopiji in analitičnih metodah.
Raziskovalno delo dr. Zavašnika je osredotočeno na dve glavni področji: (i) raziskovanje površinskih elektronskih stanj, ki nastanejo pri ostrih prehodih med trdno snovjo in vakuumom in omejenih na atomske plasti blizu površine z oslabljenim potencialom, raziskave površin z napakami, kjer je translacijska simetrija prekinjena, ter stik med radikalno različnimi spojinami, in (ii) raziskovanje kondenzirane snovi na mikro- in nanoskali, ki zajema sintezo, modifikacijo in uporabo materialov. To področje vključuje tudi nepravilnosti in modifikacije kristalne mreže, bodisi kemično inducirana z dopiranjem ali kot posledica zunanjih dražljajev.
Raziskovanje kristalne strukture na atomarni ravni, bodisi amorfne ali kristalinične, vključno z neperiodičnimi in inkomensurabilnimi strukturami, nam omogoča vpogled v samo naravo mehanskih, magnetnih, električnih, optičnih in termičnih lastnosti kovin in zlitin, oksidov, elektronske keramike in polprevodnikov.