Rok Zaplotnik je znanstveni sodelavec na Institutu »Jožef Stefan« in izredni profesor na Mednarodni podiplomski šoli Jožefa Stefana. Na Odseku za tehnologijo površin dela v Laboratoriju za plazmo.
Njegov glavni raziskovalni interes je karakterizacija plazem s katalitičnimi in Langmuirjevimi sondami, optično emisijsko spektroskopijo, vakuumsko ultravijolično spektroskopijo, lasersko absorpcijsko spektroskopijo in masno spektrometrijo. Veliko se ukvarja s konstrukcijo plazemskih sistemov, procesiranjem materialov v plazmi, interakcijami plazme s površino ter nanašanjem plasti s pomočjo plazme. Pri delu uporablja nizkotlačne RF in MW plazme, atmosferske in sub-atmosferske plazme, meritve je opravljal tudi v divertorjih fuzijskih plazem. V zadnjem času veliko raziskuje uporabo plazem za čiščenje voda.
